Il Tempio Houtu è ricco di storia:
La sua costruzione iniziò nel 121 a.C. (secondo anno dell'era Yuanshou dell'imperatore Wu della dinastia Han). Successivamente, durante la cerimonia di Fengshan a Dongyue (Monte Tai), il tempio fu ampliato nel 113 a.C. (quarto anno del regno dell'imperatore Yuanding) e designato tempio nazionale.
L'imperatore Wu della dinastia Han compì numerosi pellegrinaggi al tempio e lasciò in eredità la famosa poesia "Ode al vento d'autunno".
Gli imperatori Xuan, Yuan, Cheng e Ai della dinastia Han, così come l'imperatore Guangwu della dinastia Han orientale, visitarono il tempio per offrire sacrifici undici volte.
Durante l'era Kaiyuan della dinastia Tang (713-741 d.C.), l'imperatore Xuanzong dei Tang, Li Longji, visitò il tempio tre volte e lo ampliò.
Nel 1011 d.C. (quarto anno dell'era Dazhong Xiangfu della dinastia Song settentrionale), l'imperatore Zhenzong della dinastia Song, Zhao Heng, restaurò il Tempio Houtu e compose e incise personalmente l'"Iscrizione per l'offerta di sacrifici ai due santi di Fenyin". Durante l'era Longqing della dinastia Ming (1567-1572), il corso principale del Fiume Giallo si spostò verso est, erodendo il fiume Fen e minacciando il Tempio Houtu con inondazioni.
Durante l'era Wanli della dinastia Ming (1573-1620), il Tempio Houtu subì ripetute inondazioni del Fiume Giallo e, dopo due spostamenti, fu nuovamente sommerso.
Nel dodicesimo anno del regno di Shunzhi della dinastia Qing (1655), il Fiume Giallo esondò, distruggendo gran parte degli edifici del Tempio Houtu e lasciando intatte solo la Torre Qiufeng e la sala d'ingresso.
Nel primo anno del regno di Kangxi della dinastia Qing (1662), il Fiume Giallo esondò nuovamente, sommergendo anche la Torre Qiufeng.
Nel secondo anno del regno di Kangxi (1663), il Tempio Houtu fu trasferito e ricostruito a nord dell'attuale villaggio di Miaoqian.
Nel sesto anno del regno di Tongzhi della dinastia Qing (1867), il Tempio Houtu fu nuovamente distrutto dal Fiume Giallo.
Nel nono anno del regno di Tongzhi della dinastia Qing (1870), il tempio Houtu fu trasferito su un'alta scogliera a nord del villaggio di Miaoqian e da allora è rimasto lì, vantando una storia di oltre 150 anni.