La chiesa di San Marco sorge su una collina nel centro storico di Zagabria, con il tetto ornato da due stemmi realizzati con tegole colorate: quello di sinistra reca gli stemmi di Croazia, Dalmazia e Slavonia, mentre quello di destra l'emblema della città di Zagabria. La chiesa non è di grandi dimensioni, e le sue semplici mura in pietra contrastano nettamente con il tetto luminoso. Una fila di archi romanici conduce all'ingresso, e le colonne adiacenti sono decorate con vari motivi. Alla luce del mattino, i colori del tetto appaiono particolarmente vivaci. La piazza antistante la chiesa è tranquilla, con alcuni alberi secolari sotto i quali le persone si siedono e si riposano.